Al final del proceso de conquista, las poblaciones indígenas fueron sujetas al poder español de forma indiscriminada y con amplios márgenes de poder. Los diferentes grupos indígenas se vieron reducidos a su mínima expresión si acaso no fueron aniquilados del todo, el choque entre Europa y América resultó nocivo para los últimos quienes vieron destruidos su orden social, sus creencias, su sentido de la justicia y en algunos casos hasta su lengua. A manera de ejemplo podemos citar que a mediados del siglo XVI "...la población del centro y occidente de Honduras...disminuyó de 600,000 habitantes en el momento de la conquista a 32,000 después de este proceso..."(Linda Newson, pag.180) Ello provocará que las características demográficas del continente sean modificadas a largo plazo al introducir nuevos grupos humanos tanto europeos como africanos a la vez que disminuía gradualmente la población nativa y se daba origen a la manifestación racial propia del período colonial; el mestizaje.